阜宁县辖19个镇：阜城镇、沟墩镇、吴滩镇、合利镇、陈良镇、施庄镇、三灶镇、 郭墅镇、新沟镇、陈集镇、羊寨镇、芦蒲镇、硕集镇、板湖镇、东沟镇、益林镇、公兴镇、古河镇、罗桥镇；开发区。

　　2003年行政区划一览 （根据《江苏省2003年底村及村以上代码》整理）

　　阜城镇 辖：14个居委会（兴阜、新盛、中心、东风、林海、向阳、光明、南苑、条河、窑桥、城北、城西、桥北、城南、崔湾）；8个村委会（新桥、缪黄、北周庄、新港、方黄、杜庄、阜蒲、新丰）。

　　沟墩镇 辖：2个居委会（朝阳、墩北）；20个村委会（红旗、林道、丰渔、大唐、陈坎、郑飞、雪泉、新建、匣东、兴隆、白水塘、南坎、三合、条岗、柳集、跃进、陈林、新岗、大曹庄、曹唐）。

　　吴滩镇 辖：2个居委会（吴滩、合东）；11个村委会（蔡河、通阳、邓舍、仁范、陈戴、董陈、立新、戴沟、新储、光明、冒港）。

　　合利镇 辖：1个居委会（合利）；11个村委会（许合、两河、三岔、大王、射南、双港、兴东、邹圩、北汛、老沙、阜东）。

　　陈良镇 辖：18个村委会（曹南、周庄、三烈、盐港、玉丹、李良、丰民、许湾、如珍、丹平、成俊、新涂、新同、陈良、永同、顺桥）。

　　施庄镇 辖：2个居委会（和平、北陈）；16个村委会（路庄、邓灶、安乐、必余、中岗、红心、孙桥、向阳、两合、岗北、沙岗、营港、喻口、骥超、锦仁、桃园）。

　　三灶镇 辖：1个居委会（陈吕）；17个村委会（七灶、掌李、同兴、楼子、九灶、丰墩、十灶、昌兴、庄杨、前三灶、中三灶、后三灶、双岗、王集、蒯东、沿渠、东湾）。

　　新沟镇 辖：1个居委会（新胜）；17新沟、海宗、新东、沙湾、新合、大楼、南湾、潮北、中心、新南、吉沟、新风、合力、新西、新北、西河、东季）。

　　陈集镇 辖：1个居委会（陈集）；19双营、石狮、胡庄、大刘、西季、姚场、金星、闸东、海口、官路、钟左、韦岳、瓦许、旗杆、郝周、郭李、停翅港、汪朱、空寺）。

　　羊寨镇 辖：3个居委会（镇东、镇西、北沙）；15南羊、福海、阜羊、后沙岗、孔苏、世明、单家港、外口、王山、流泉、大西、孟滩、苏水、蒲鸠、于集、后舍）。

　　芦蒲镇 辖：3个居委会（长北、童营、蒲南）；16个村委会（沿淮、三联、临黄、蒲东、马集、芦蒲、左范、东吴、罗码、裴王、高杨、三马、新荡、周门、曹安、双码）。

　　硕集镇 辖：1个居委会（兴硕）；11个村委会（硕集、阳光、阳河、双桥、计桥、新集、张单、东崔、何桥、马躲、创业）。

　　板湖镇 辖：1个居委会（板湖）；17个村委会（孙合、三鑫、渠东、陈徐、南殷、西崔、沟北、戚桥、孔荡、邵湛、赵黄、侉周、郑朱、河北、蔡张、前汪、渠河）。

　　东沟镇 辖：5个居委会（市民、新东、西城、海北、永兴）；14黎明、东南、沿河、北堆、嵩乳、阜益、东方、丁横、镇南、永西、五楼、官庄、合心、兴园）。

　　益林镇 辖：9个居委会（倪东、王楼、益富、建新、大东、益北、益南、益西、益东）；9个村委会（中石、裴伏、楚赵、大余、大有、管计、南窑、益新、桑树） 注：2009年11月，撤销杨集镇，将其原辖区域并入益林镇，实行镇管村体制，镇政府驻益东居委会。区划调整后，益林镇区域面积109.18平方千米，人口9.47万人，辖14个行政村、10个居委会。

　　公兴镇 辖：1个居委会（公兴）；12个村委会（崔庄、射河、裴桥、太平桥、桥东、双河、东盛、青南、孙利、青墩、三益、北盛）。

　　杨集镇 辖：2个居委会（兴杨、马家荡）；9个村委会（荡东、荡西、樵农、 蟠龙、振兴、振业、周邱、角巷、东兴）。

　　古河镇 辖：1个居委会（古河）；19个村委会（古颜、梁庄、韦唐、许高、小许、张秦、洋桥、联合、张刘、大冲、神墩、前墩、运河、刘庄、左杨、富民、中桥、梨元、古凤）。

　　罗桥镇 辖：1个居委会（东凤）；19个村委会（沿荡、林舍、青杨、青沟、射滨、沈顾、沿路、双联、沿边、安兴、沿街、洪桥、金韩、凤谷、许何、张赵、新联、邵刘、龙窝）。

　　开发区 辖：1个居委会（窑湾）；6个村委会（花园、码头、顾庄、黄舍、必生、专榆）。

　　澳洋工业园 辖：2个居委会（孙郑、张庄）；13个村委会（沿川、刘李、孙灶、唐城、沙河、阜沙、许祝、刘河、王庄、阜阳、兴庄、马河、西北）。

　　2009年11月上旬，阜宁调整部分镇区行政区划：

　　撤销施庄镇、吴滩镇、合利镇，将其原辖区域并入阜城镇；

　　辙销硕集镇、公兴镇，将其原辖区域并入东沟镇；

　　撤销杨集镇，将其原辖区域并入益林镇；

　　郭墅镇与澳洋工业园合并，实行镇园合一。

　　调整后，阜宁县行政区划为阜城镇、沟墩镇、陈良镇、三灶镇、郭墅镇、新沟镇、陈集镇、羊寨镇、芦蒲镇、板湖镇、东沟镇、益林镇、古河镇、罗桥镇，共14个镇和江苏省阜宁经济开发区、澳洋工业园。东益经济区以特殊模式运作，在原东沟、益林两镇基础上整体规划，协调发展，辐射西南五镇。

　　2009年12月31日县委县政府决定成立金沙湖开发机构，2010年1月阜宁县金沙湖开发工委、管委会成立；2月10日，托管阜城镇7个居民委员会，3月28日，金沙湖概念性规划通过专家评审，3月31日金沙湖开发工委、管委会揭牌